Thune entwickelte sich im Schutz einer Burg, die zu den Schunterbefestigungen des 9. / 10. Jahrhunderts gehörte und erstmals 1273 als „castrum thune“ urkundlich erwähnt wird. Nachdem die Burg mehrmals den Besitzer gewechselt hatte, wurde sie 1492 zerstört und 1576 als „wüst“ bezeichnet. Wahrscheinlich hat der Ort Thune seinen Namen von der Burg Thune erhalten (1356 „dat slot de Thun“, 1388; „thun“ = Zaun).

Seit 1594 gibt es erste Hinweise auf eine Windmühle an der alten Burgstelle (1), die später von einem Ackerhof und einem Schulgelände eingenommen wurde. Heute stehen an der Stelle der Burg das Gerätehaus der Freiwilligen Feuerwehr und der Kindergarten. Ursprünglich war Thune ein Rundling, entwickelte sich später jedoch zum Haufendorf. Bis 1569 war der Ort nach Bienrode eingepfarrt und gehörte danach zur Kirchengemeinde Wenden. 1754 hatte Thune ca. 100 Einwohner, 16 Höfe und eine fast rein bäuerliche Bevölkerung. Erst mit dem Einsetzen der Industrialisierung wuchs die Bevölkerung an, deren Grundlage aber zunehmend die gewerbliche Wirtschaft wurde, während der bäuerliche Anteil zurückging.

Von den das Ortsbild einst bestimmenden Dreiseit- und Hakenhöfen im Dorfzentrum (2) sind inzwischen fast alle ohne landwirtschaftliche Nutzung. Heute liegt Thune am Mittellandkanal und besitzt einen Ölhafen (3). Die Waldungen bei Thune sind seit 1962 Landschaftsschutzgebiet. 1974 wurde das Dorf Thune nach Braunschweig eingemeindet.