Waggum ist nachweislich seit der Völkerwanderungszeit besiedelt. Erstmals urkundlich erwähnt wird „Wagken“ 1007 als Besitz des Klosters Steterburg. Der Ort hatte ursprünglich nur einen Weg (heute Feuerbrunnen) mit der Kirche (1) am nördlichen Ende. Die mittelalterliche Kirche wurde 1880 bis auf den Turm-quader abgerissen und 1882 durch einen neoromanischen Neubau ersetzt, stilistisch an den Braunschweiger Dom angelehnt.

Die erste Erweiterung des Dorfes war die parallele heutige Rabenrodestraße. Waggum entwickelte sich im 18. und 19. Jahrhundert zum Haufendorf. Das Bild prägten niederdeutsche Hallenhäuser, die heute renoviert, umgebaut und umgenutzt noch an mehreren Stellen zu finden sind (2). Im 20. Jahrhundert ging die Bedeutung der Landwirtschaft zurück, planmäßig angelegte Siedlungen (Gehölznamen, Vogelnamen) ergänzten das Dorfbild.

Am 28. Mai 1936 wurde auf Waggumer Gebiet der neue Verkehrsflughafen Braunschweig eingeweiht. Er erhielt 1939 ein repräsentatives Empfangsgebäude (3) im Stil des zeittypischen, nationalsozialistischen Klassizismus. 1939 bis 1945 war der Flughafen Fliegerhorst der Luftwaffe. Seit Ende des 20. Jahrhunderts ist er Forschungsflughafen.

Die im zweiten Weltkrieg 1944/45 stark beschädigte St. Petri-JohannesKirche (1) wurde repariert, 1960 neu geweiht und 1991 bis 1997 wieder nach altem Muster (Dommaler Adolf Quensen) ausgemalt.

Die Eingemeindung Waggums erfolgte in drei Etappen, 1936 das Gebiet des Flughafens, 1959 die Eichendorff-Siedlung südlich des Flughafens, 1974 das eigentliche Dorf.