Durch groß angelegte Ausbaumaßnahmen zu Beginn des 19. Jahrhunderts sowie in den Fünfziger Jahren des 20. Jahrhunderts wurde drastisch in die Morphologie dieses Gewässers eingegriffen. Seit rund 10 Jahren wird die Schunter in Abschnitten wieder renaturiert und beginnt sich langsam von dem Zustand eines naturfernen Kanals zu regenerieren. Während Uferböschungen in einigen Bereichen wieder einer natürlichen Dynamik ausgesetzt sind, besteht weiterhin das nahezu unlösbare Problem eines zu tief eingeschnittenen Gewässerprofils. Durch den Verzicht auf Unterhaltungsmaßnahmen, wie maschinelle Entkrautung, Sohlräumung und Ausbau und Pflege von Uferbefestigungen, hat der Strukturreichtum der Schunter wieder zugenommen. Zahlreiche Makroinvertebraten, darunter die Grüne Flussjungfer Ophiogomphus cecilia - einer Art der FFH-Richtlinie mit herausragendem europäischen Schutzstatus - besiedeln heute wieder diesen Fluss.

Bei einer Renaturierung der Schunter wird von großräumigen Maßnahmen Abstand genommen, damit Sedimente nicht in Bewegung geraten und zu einer Verschüttung von Muscheln und anderer Bodentiere führen. Zudem wäre in neu gestalteten Bereichen das sich gerade natürlich entwickelnde Habitatmosaik gefährdet und vielfältige Verhältnisse könnten sich erst nach Jahren wieder ausbilden. Besonders junge Muscheln reagieren empfindlich auf überhöhte Sedimentfracht. Aus diesem Grunde werden nur kleinräumige Eingriffe - gestaffelt über einen längeren Zeitraum – befürwortet, wie z.B.:

• die Anlage einzelner Störstellen
• die punktuelle Sohlen- und Querschnittsverbreiterung
• der Wiederanschluss von Altarmen (Kralenriede) und
• die Neuanlage von angeschlossenen Totarmen, zum Beispiel zwischen Hondelage und Querum.