Reformation
Bereits wenige Jahre nach der Veröffentlichung der 95 Thesen durch Martin Luther 1517 in Wittenberg erfasste die reformatorische Bewegung viele deutsche Großstädte, darunter auch Braunschweig. In der Frühphase der Reformationszeit wirkte der Benediktinermönch Gottschalk Kruse in der Stadt, der sich während seines Studiums in Wittenberg 1520/1521 der lutherischen Lehre zugewandt hatte. Mit seinen im Aegidienkloster gehaltenen Predigten und biblischen Vorlesungen, die in der Bevölkerung großen Anklang fanden, förderte er maßgeblich die Ausbreitung des evangelischen Glaubens. Auf Drängen des katholischen Herzogs Heinrich d. J. (1489-1568) musste Kruse jedoch nach zwei kurzen Aufenthalten Braunschweig im März 1523 wieder verlassen, da ihm die Errichtung einer Ketzerschule nachgesagt wurde. Zu den ersten Anhängern Luthers zählten einige Mönche aus St. Aegidien, Praedikanten (Prediger) der Pfarrkirchen, einzelne Humanisten (Stadtphysikus Euricius Cordus, Bertram von Damm), Fernhändler (Gewandschneider Hans Pelt) sowie Teile des städtischen Bürgertums und Angehörige der Handwerksgilden. Zur schnellen Verbreitung der reformatorischen Bewegung trug auch die Drucklegung von Luthers Schriften und anderer Reformatoren bei. So hatte der erste Braunschweiger Buchdrucker Hans Dorn schon 1518 eine der ersten Schriften Luthers herausgegeben.
Maßgebliche reformatorische Impulse gingen von der Altenwiek aus. Ende 1527 beseitigten die Prediger Heinrich Lampe und Johann Oldendorp eigenmächtig die katholische Gottesdienstordnung in der Magnikirche, wo auch die erste Taufe in deutscher Sprache stattfand. Auf Drängen seiner Bürger setzte schließlich der Weichbildrat der Altenwiek ohne Zustimmung des Gemeinen Rates die lutherische Predigtweise durch. 1528 wurden bereits in allen Teilstädten Bürgerversammlungen abgehalten, auf denen die Verordneten unter der Führung des Juristen Autor Sander die evangeliumsgemäße Feier des Abendmahls, die Änderung der Gottesdienstabläufe, die Beseitigung von kirchlichen Missständen sowie die Bestellung von lutherischen Predigern und eines gelehrten Theologen forderten. Der Rat befand sich in einer schwierigen Lage und war bestrebt nach innen und außen Frieden zu wahren. Einerseits musste er dem Wormser Reichstagsabschied von 1521 sowie den kaiserlichen Mandaten und herzoglichen Instruktionen Folge leisten, die die Erhaltung des bisherigen Kirchenwesens vorschrieben. Andererseits drohten nach dem Aufruhr der Armut 1513-1514 erneute soziale Unruhen und ein gewaltsamer Umsturz durch die gilde- und besitzlose Bevölkerung. So verfasste der Rat im März 1528 eine Ratsordnung, die zusammen mit einem vom Hagen und der Altenwiek erarbeiteten Reformprogramm zu einer grundlegenden Neuordnung des Kirchenwesens führte. Schließlich berief er den Halberstädter Theologen Heinrich Winkel und kurz darauf zu Ostern 1528 den Wittenberger Stadtpfarrer und engen Vertrauten Luthers, Johannes Bugenhagen, zur Durchführung der Reformation nach Braunschweig.
Nach seiner Amtseinführung in der Andreaskirche am 20. Mai 1528 begann Bugenhagen seine Tätigkeit mit einer Antrittspredigt in der Brüdernkirche am darauffolgenden Himmelfahrtstag. Durch seine zahlreichen Predigten, regelmäßigen theologischen Vorlesungen und seelsorgerischen Gespräche trug er entscheidend zur Festigung des evangelischen Glaubens bei. In nur kurzer Zeit machte er sich mit den städtischen Verhältnissen vertraut und entwarf in ständigem Austausch mit der Geistlichkeit, den Gilden und den fünf Gemeinden eine neue Kirchenordnung, die am 5. September 1528 vom Rat und der Bürgerschaft angenommen wurde.
Diese Ordnung, die für weitere von Bugenhagen erarbeitete Kirchenordnungen zum wegweisenden Vorbild wurde, bestimmte die Grundlagen für die Entwicklung des evangelischen Kirchenwesens bis 1671. Ihre Umsetzung führte zu einer tiefgreifenden Änderung der alten Kirchenstrukturen und des gesamten städtischen Lebens. Indem der Rat die Kontrolle über das Kirchenwesen und ein Mitspracherecht bei der Besetzung von kirchlichen Stellen erhielt, erfuhr er einen bedeutenden Machtzuwachs. Ferner wurde das Amt des Superintendenten an der Spitze der neuen Kirchenregierung geschaffen, für das der von Luther selbst ausgewählte Martin Görlitz aus Torgau berufen wurde.
Außer mit den Bestimmungen über die Aufgaben und Einkünfte der Prediger und den Ablauf der Gottesdienste befasste sich die Kirchenordnung auch mit dem Fürsorge- und Schulwesen. Bugenhagen ging insbesondere auf die Schulnot und -pflicht für Kinder aus allen sozialen Schichten ein. Des Weiteren formulierte er Grundsätze über die Fähigkeiten und die Besoldung von Lehrern und stellte Lehrpläne für die beiden städtischen Lateinschulen Martineum und Katharineum sowie für die Schreibschulen und die neu zu errichtenden Jungfrauenschulen auf.
Die endgültige Durchsetzung des evangelischen Kirchenwesens geriet nach dem Weggang Bugenhagens nach Hamburg im Herbst 1528 ins Stocken und scheiterte an dem erstarkenden Katholizismus und dem Aufkommen der Lehre des Schweizer Reformators Zwingli, der sich einige Prediger angeschlossen hatten. Während seines zweiten Aufenthaltes 1529 in Braunschweig konnte er diese Einflüsse zurückdrängen und erreichte die Absetzung der führenden Zwinglianer sowie die Säkularisierung der beiden katholischen Bettelmönchsklöster.
Seit Beginn der Reformation stand die städtische Kirchenpolitik im Gegensatz zum streng katholischen Landesherrn Heinrich d. J. Den Höhepunkt der lang anhaltenden Auseinandersetzung bildete im August 1531 der Beitritt Braunschweigs zum Schmalkaldischen Bund, einem Schutzbündnis der evangelischen Fürsten und Städte. Von diesem gestützt, ließ der Rat nun entschlossen die lutherische Lehre 1539 im Landgebiet und seit 1540 in den herzoglichen Stiften einführen. Die Versuche des Bundes nach der Absetzung des Herzogs 1545 auch das Fürstentum zu reformieren, schlugen fehl.
Als Heinrich d. J. 1547 in sein Land zurückkehrte, hob er die neue Lehre auf und führte den alten Glauben mit aller Entschlossenheit wieder ein. Erst sein Sohn und Nachfolger Herzog Julius (1528-1589), der am brandenburgischen Hof evangelisch erzogen wurde, konnte 1568 die Reformation durchsetzen.
1902 widmete die Stadt Bugenhagen ein Denkmal, das an der Westseite der Brüdernkirche errichtet wurde. Nach dessen Demontage im Zweiten Weltkrieg wurde 1970 eine neue Bronzestatue des Reformators neben dem Chor der Kirche enthüllt.