Entsprechend scheiterte Althaus mit seinem Begehren. Anfang 1951 teilte man dem Pastor mit, seine Strafe von 1936 sei gelöscht worden. Damit hatte die Landeskirche das Anliegen von Althaus schlicht ignoriert und auf einen persönlichen, bürokratisch zu regelnden Fall reduziert. Auf die Versetzung verzichtete man zunächst.

Im Mai 1952 wandte sich der Schulvorstand Timmerlah an die Kirchengemeinde, um einen Streifen Land für den Schulhof dazuzupachten. Offenbar gab es in Zusammenhang mit den Problemen im Verwaltungsbereich dann Schwierigkeiten mit Althaus. Er wurde des Vorsitzes im Kirchenvorstand enthoben, den in der folgenden Zeit Oberlandeskirchenrat Seebaß wahrnahm¹. Der Vertrag mit der Schule kam dann erst ein Jahr später zustande, und neue Probleme mit Pfarrland kam dazu. Der Flüchtlingsbetreuer der Gemeinde Timmerlah, Kolms, beschwerte sich, die Kirche verpachte Land an Hermann Olms², statt es an landlose Flüchtlinge zu vergeben. Aber auch Positives gab es zu dieser Zeit für Althaus: Erste Wiederherstellungsarbeiten an der Kirche wurden abgeschlossen und der zweite Bauabschnitt für 1952/53 geplant. Anfang 1953 stiftete ein Pastor aus Schweden 18 Stühle für den Konfirmandensaal, nachdem er von der Haft seines Timmerlaher Kollegen im Dritten Reich gelesen hatte.

Für den streitbaren Pastor war aber das Problem der Schuld nicht gelöst. Im Frühjahr 1952 bekam er eine Eheakte zur Stellungnahme in einer Scheidungssache zugesandt. Er schickte sie zurück mit der Begründung, er könne zu Ehesachen nichts sagen, solange nicht die Ariernachweispflicht aufgehoben sei, „um einen echten Frieden anzubahnen, der nur möglich ist, wenn restlos deutlich wird, daß mit der nationalsozialistischen Gesetzgebung und der entsprechenden Ausrichtung kirchlichen Lebens gebrochen wird.“³ Die Ariernachweispflicht war 1933 unter Bischof Beye auch für die Kirche eingeführt worden. Althaus hatte bereits vor der Einführung gegen diese Diskriminierung protestiert⁴. Die Kirchenregierung - im Sinne der Zeit nicht daran interessiert, die jüngste Vergangenheit zu thematisieren - zeigte sich erstaunt: „ Wir können nicht verstehen, daß sie die Erfüllung ihrer Amtspflichten von der Zurücknahme irgendwelcher [!] Verfügungen abhängig machen, die in der nationalsozialistischen Zeit ergangen sind und selbstverständlich abgetan sind“⁵. Statt mit der Aufarbeitung der eigenen Vergangenheit reagierte man mit Repressalien.

Trotzdem ließ Althaus nicht locker. Sein Verständnis von Glaube und Buße führte ihm immer wieder die ungeklärte Situation vor Augen. Ende März 1953 mußte er dem Landeskirchenamt einen Einbruch ins Pfarrhaus melden, bei dem v.a. wichtige Lebensmittelvorräte gestohlen worden waren und den er den Polen aus Broitzem zuschrieb⁶. In seiner direkten Art nahm der Geistliche die D.P.s in seiner Meldung jedoch in Schutz und fand die Schuld ganz woanders: Seiner Meinung nach handelte es sich bei den damals herrschenden Zuständen um Vergeltung für eine mangelnde deutsche Bußbereitschaft. Das war eine deutliche Mahnung. Wirkliche Buße und ein ehrlicher Umgang mit der Vergangenheit waren daher für ihn eine unerläßliche Voraussetzung, um Handlungs- und Gestaltungsfreiheit für die Zukunft zu gewinnen.

Zur weiteren Verschlechterung des Verhältnisses zwischen Althaus und seinen Vorgesetzten trug die Einsetzung eines Geistlichen für Broitzem bei. Althaus war nach dem Disziplinarurteil von 1936 dort nicht wieder eingesetzt, das Dorf statt dessen von Rüningen aus mitversorgt worden. 1953 wurde nun in Broitzem ein eigener Geistlicher eingesetzt, was am Ende die endgültige Abtrennung von der Restgemeinde Timmerlah-Sonnenberg bedeutete und wogegen Althaus protestierte. Er empfand dies als Abstrafung durch die Landeskirche im Geiste des damals unrechtmäßig ergangenen Urteils. Das Landeskirchenamt argumentierte jedoch, das große Arbeiterdorf Broitzem sei ein sehr schwieriges Arbeitsfeld für einen Geistlichen und erfordere daher eine volle Pfarrstelle⁷. So sehr diese Argumentation für einen Außenstehenden nachvollziehbar sein mußte, so wenig war Althaus in der Lage, angesichts seines missionarischen Eifers und der von ihm bis zur Sturheit leidenschaftlich geführten Auseinandersetzung mit der verstockten Landeskirchenleitung noch objektiv zu urteilen.

Im Frühjahr 1954 bat Althaus seine Kirche um Unterstützung bei einem Antrag auf Entschädigung als Verfolgter des Naziregimes durch den Bund. Gleichzeitig beantragte er bei der Kirchenregierung, ihm die Verfahrenskosten, die er 1936 hatte übernehmen müssen, zu erstatten. Außerdem warf er der Kirchenleitung vor, daß wichtige Mitarbeiter der ehemaligen Finanzabteilung von ihr und dem Landeskirchenamt übernommen worden seien. Die Finanzabteilung war am 26.2.1936 vom Reichsminister für kirchliche Angelegenheiten, Kerrl, auch in der braunschweigischen Landeskirche eingesetzt worden. Sie hatte sich schnell zu einer Art Staatskommissariat über die Landeskirche entwickelt und u.a. in großem Maßstab Kirchenland verschleudert.

Auf die Vorwürfe von Althaus hin kam es zu einer Unterredung zwischen ihm, Mitgliedern des Kirchenvorstands und Bischof Erdmann sowie Oberlandeskirchenrat Breust. Der Kirchenvorstand seiner Gemeinde unterstütze Althaus nicht, die Vertreter wollten wegen der ungeordneten Verhältnisse im Gemeindebüro vielmehr weiterhin dessen Ablösung⁸. Breust gehörte wie Röpke zu dem vom Timmerlaher Pfarrer angegriffenen Personenkreis. Er war zwar bereits seit 1923 im Amt gewesen, jedoch bis 1945 sowohl Mitglied der Partei als auch bei den DC und hatte zeitweise in der Finanzabteilung mitgearbeitet. 1945 war er Oberlandeskirchenrat und 1946 Stellvertreter des Landesbischofs geworden. Althaus wiederholte seine Forderungen. Der zunächst noch Kompromiß bereite Bischof stellte sich dagegen und forderte Althaus schließlich auf: „Ich lebe aus der Vergebung. Sie müssen auch versuchen, das aus ihrem Herzen wegzuwischen, Bruder Althaus“⁹.

Doch blieb das Treffen weitgehend ergebnislos. Dieses Wegwischen der Schuld auf landeskirchlicher und persönlicher Ebene widersprach der Idee der Vergebung, so wie sie Althaus verstand und in seinem Schreiben von 1950 geäußert hatte. Erdmann hielt davon offensichtlich wenig, er wollte Ruhe in seiner Landeskirche. Kirchenrat Rauls ließ sich gar zu der Äußerung hinreißen, Althaus leide an „Zwangsvorstellungen“ und gehöre „in ein Nervensanatorium“¹⁰. Er halte eine Zwangspensionierung für legitim, doch nehme dieses Verfahren Althaus die Möglichkeit, sich zu rechtfertigen. Der Bischof leitete daher statt dessen wegen der Mängel in dessen Amtsführung erneut ein Dienststrafverfahren gegen Althaus ein. Gleichzeitig legte er ihm nahe, bei vollem Gehalt in Pension zu gehen. Unterstützt wurde die Kirchenleitung gegenüber Althaus durch die Probsteisynode Vechelde, in deren Namen der weiter amtierende Probst Gremmelt im Interesse der Gemeinden dringend um die Suspendierung von Althaus bat¹¹.

Gemäß Beschluß bestätigte Erdmann dem Timmerlaher Pastor in einem nur an ihn gerichteten Brief, daß die Ariergesetzgebung Unrecht gewesen sei, im vollem Bewußtsein, daß Althaus dies nicht ausreichen konnte, da die Landeskirche weiter eine öffentliche Stellungnahme vermied. Althaus reagierte, indem er in einen Briefwechsel mit Erdmann eintrat, der von beiden Seiten jeweils allen Pastoren bekannt gemacht wurde. Somit war das Problem nun auch vor die gesamte Landeskirche gebracht. Althaus erreichte immerhin, daß die Kirchenregierung in diesem Rahmen bekannte, daß „die Maßnahmen des Landeskirchenamtes und der Kirchenregierung, die seinerzeit zum Beispiel im Zusammenhang mit der Forderung des Nachweises der arischen Abstammung ergangen sind, dem Geist des Evangeliums und dem Wesen der Kirche nicht entsprochen“ hätten¹². Zwar wies sie gleichzeitig Ton und Inhalt der Althausschen Vorwürfe gegen einzelne ihrer Mitglieder zurück. Sie äußerte sich aber damit erstmals öffentlich zum Verhalten der Landeskirche im Dritten Reich.

Den Vorwurf, er sei für die „völlige Zerrüttung des Verhältnisses zu den Gemeinden“ verantwortlich, wies Althaus entschieden zurück. Die Schuld liege vielmehr bei der staatlichen und kirchlichen Obrigkeit, die ihn zur Zeit des Dritten Reiches öffentlich demontiert hätten. Seine Gemeinde habe gesehen, daß ihr Pastor eingesperrt, vom Landeskirchentag verwiesen und von der Kirchenregierung abgestraft wurde, daß neben der Kirche auch sein Pfarrhaus nach den schweren Beschädigungen durch eine Luftmine 1944 nur sehr zögerlich wiederhergestellt wurde. Die Kirchenleitung habe ihn so zum „Rebellen“ gestempelt, der aus dem Ausland gekommen sei und nicht deutsch empfinden könne. Nun könnten die Gemeindemitglieder nicht eingestehen, sich geirrt zu haben. „Ein Oberlandeskirchenrat scheint es auch nicht eher fertig zu bekommen, die Schuld einzugestehen! Sehen Sie: Das ist die ‘Zerrüttung‘!“¹³.

Im Verlauf des Verfahrens hatte Bischof Erdmann es immerhin für denkbar gehalten, daß Althaus in Timmerlah und Sonnenberg mit politisch motivierten Ressentiments konfrontiert sei, und Oberlandeskirchenrat Seebaß, der davon bei seinen zahlreichen Besuchen in der Gemeinde nichts bemerkt hatte, wollte es ebenfalls nicht ausschließen¹⁴. Es endete für Althaus mit einem Freispruch. Das Gericht bescheinigte ihm, er habe die Verwaltungsarbeit zugunsten der Seelsorgearbeit zurückgestellt und seine Vorgesetzten auch davon unterrichtet. Sein Amt habe er nicht schuldhaft vernachlässigt, sondern sei mit den verwaltungstechnischen Aufgaben überfordert gewesen. In der Urteilsbegründung von 1956 heißt es weiter: Das „Dienststrafgericht stellt fest, daß [Althaus] auf Grund seiner Haltung während des Dritten Reiches als ein besonders bekenntnistreuer und mutiger Pfarrer anzusehen ist.“ Schon in seiner ersten Gemeinde Grünenplan habe er „mutig in der Öffentlichkeit zum Ausdruck gebracht“, daß er Verhaftungen der Nazis verurteile.

Außerdem habe er eine „echte Gewissensentscheidung vollzogen“ für die Zigeunermission. Wie schon vor dem Krieg hatte Althaus erneut begonnen, sich intensiv um diese verfolgte Minderheit zu bemühen. Jetzt fuhr er regelmäßig mit dem Motorrad nach Hildesheim, wo der nächste größere Sammelpunkt von Zigeunern war, und auch „seine Gemeinde weiß heute schon, daß er dann und wann Besuch bekommt, von seinen dunkelhaarigen Freunden“¹⁵. Seine Aufgabe sah er darin, ihre Sitten und Gebräuche kennenzulernen, ihr Vertrauen zu gewinnen und für sie als Mittelsmann und Fürsprecher zu fungieren, um sie „hinführen [..] zu dem, dem wir im Abendlande unsere ganze Prägung verdanken, zu diesem Jesus von Nazareth“¹⁶. Dies war für ihn auch eine Sache der Sühne für die Verfolgung der Zigeuner in Deutschland bis 1945 geworden. Schon 1951 hatte Althaus seinem Bischof geschrieben, er müsse dringend „um ein ernsthaftes Wort der Buße bitten. Ja, ich bitte die Kirchenregierung möge großzügig die Judenmission unterstützen und möge eine Zigeunermission beginnen“¹⁷.

Daneben aber führte er noch einen Aspekt an, der heute sehr kritisch zu sehen ist: „Es ist ernsthaft zu fragen, ob der Nationalsozialismus nicht im Sande verlaufen wäre, wenn die Christen ihre Pflicht an Juden und Zigeunern ernsthaft getan hätte“¹⁸. Es wird klar, daß Althaus die jüdische Religion durch das Streben nach Mission an Juden dabei als Glauben mit eigenständigem Existenzrecht nicht akzeptierte. Doch damit stand er in der Tradition alter christlicher Überzeugungen¹⁹. Althaus trat wiederholt öffentlich für die Zigeuner ein und warb um Verständnis für deren Lebensart und Traditionen, während er gleichzeitig versuchte, sie zu missionieren und sie so dazu zu bewegen, sich der Lebensweise der seßhaften Bevölkerung mehr anzupassen.

Nach dem Freispruch erhielt Althaus die Prozeßkosten erstattet, womit für die Kirchenleitung der Fall aber noch nicht erledigt sein sollte. Sie hatte bereits bevor das Gericht seinen Spruch begründet hatte, den Beschluß gefaßt, ein Pfarramt für die Zigeuner- und Judenmission zu errichten und den Pfarrer aufzufordern, zu einer eventuellen Versetzung Stellung zu nehmen, sobald die Gründe für den Freispruch bekannt würden. Althaus hatte einen solchen Vorschlag 1954 noch abgelehnt, doch mußte ihm dies prinzipiell entgegenkommen. Im April 1956 hatte er dann sein Einverständnis signalisiert, nach Abschluß des Verfahrens nach Braunschweig zu ziehen und ein entsprechendes Amt anzutreten²⁰.

Er hatte gebeten, ihm für die Übergabe seiner Gemeinden Hilfe bei der Registratur und der Rechnungsführung zu gewähren, was ihm Erdmann zugesichert hatte. Im November 1956 nahm Althaus die Stelle an: „Ich sah darin den Ruf Gottes und griff zu“²¹. Wahrscheinlich kam ihm das um so gelegener, als die Zigeuner den Kontakt zu Althaus 1954 abgebrochen hatten. Er hatte sie wiederholt zusammen mit seiner ältesten Tochter besucht, die in der Ausbildung zur Hebamme war. Dieser Beruf galt für die Zigeuner als ‘unrein‘, und daher mieden sie den Pastor in den folgenden Jahren konsequent, nachdem sie davon erfahren hatten. Althaus muß auf eine Erneuerung der Kontakte durch sein neues Amt gehofft haben.

Seine Nachfolge in Timmerlah und Sonnenberg trat der Vikar Hans Schreyer an, der zum November 1957 den Auftrag bekam, die Gemeinde zunächst zu betreuen und auch die Kirchenbücher zu vervollständigen²². Im folgenden Jahr wurde Schreyer Hilfsprediger, und mit seiner Ordinierung im Juni 1959, eine Woche nach dem bestandenen 2. theologischen Examen, wurde er schließlich Pastor der Gemeinde, in der er bis September 1978 mit großem Engagement wirkte.