Der Schutz im Wald lebender Fledermäuse ist im Wesentlichen an den Erhalt bzw. die Schaffung von für die jeweiligen Arten geeigneten Waldstrukturen gebunden. Mittelfristig sollten daher Naturwaldparzellen ohne fortwirtschaftliche Nutzung eingerichtet werden und eine Umgestaltung von bestehenden Nadelwaldbeständen in standorttypische Laubwälder erfolgen. Die bereits begonnene verstärkte Anpflanzung von Eichenbeständen, der Erhalt von im Laubwaldbereich vorhandenem Alt- und Totholz sowie Höhlenbäumen ist beizubehalten und zu ergänzen. Durch diese Maßnahmen können Habitat- und Quartierverhältnisse für die Fledermäuse verbessert werden. Auch für das Nahrungsangebot führt dies mittelfristig zu einer Verbesserung. Die Stadt unterstützt dies durch den Ankauf von besonders wertvollen Habitatbäumen und die Etablierung einer Naturwaldparzelle im Querumer Wald.

Kurzfristig kann bei einem niedrigen Bestandsalter der Bäume das Quartierangebot vorübergehend durch die Installation von Ersatzquartieren erhöht werden, wie es im Querumer Wald geschehen ist.

In dörflicher Umgebung sind der Erhalt und die Förderung der Fledermausbestände von einem ausreichenden Angebot an Sommer- als auch an Winterquartieren abhängig. Eine ebenfalls große Rolle spielen die Jagdgebiete. Auch diese sollten erhalten bzw. entwickelt werden, um Fledermäusen genügend Nahrung zur Verfügung zu stellen. 

Allgemein lassen sich folgende Empfehlungen für Maßnahmen zum Erhalt von Fledermausvorkommen in dörflichen Strukturen geben:

• Erhalt älterer Bausubstanz als Quartier
• Förderung dörflicher und dorfnaher Grünzonen als wertvolle Jagdreviere
• Schaffung linearer Gehölzstrukturen zur Verbindung von Feldmark und Wohngebieten
• Entwicklung naturnaher Gärten mit reichem Blütenangebot
• Anlage von Streuobstwiesen und Kleingewässern
• Installation von Fledermausquartieren

Der Lebensraum für Fledermäuse im Stadtgebiet von Braunschweig ist durch verschiedene Faktoren besonders gefährdet. Aufgrund des Alters der mehrstöckigen Wohnhäuser fanden und finden verstärkt Ausbau- und Renovierungsmaßnahmen im Dachstuhlbereich bzw. an Verkleidungen statt. Dadurch kommt es häufig zur direkten Zerstörung von potenziell quartiergeeigneten Bereichen oder Nutzung von für den Fledermauseinflug ungeeigneten Dachziegeln.

Im Bereich der Hinterhöfe ist in Teilbereichen eine Überalterung des Baumbestandes festzustellen. Nach dem Absterben kommt es häufig nicht zu Ersatzpflanzungen, sodass die strukturelle Vielfalt dieser Bereiche reduziert wird und damit auch die Bedeutung als potenzielle Jagdhabitate der Fledermaus vermindert wird.

Zu wichtigen Empfehlungen für Maßnahmen im städtischen Bereich zählen daher:

• Integration von geeigneten Fledermausquartieren in Fassaden und Dachbereiche bei Neubaugebieten und Gebäudesanierungen
• Erhalt und Entwicklung von Jagdgebieten durch Parkentwicklung, Anpflanzung von einheimischen Sträuchern, Gebüsch- und Baumpflanzungen, Förderung von gewässerbegleitenden Vegetationen und innerstädtischen Grünzonen
• Erhalt alter Baumbestände, wie zum Beispiel der alten Platanenallee am Inselwall und Ausgleich abgestorbener Baumbestände durch Neupflanzungen
• Verbesserung der Öffentlichkeitsarbeit und Aufklärungsarbeit zum Fledermausschutz, zum Beispiel durch Informationen zu fledermausgerechten Umbau- und Renovierungsarbeiten, Förderung der Zusammenarbeit mit lokalen Naturschutzorganisationen, regelmäßige Führungen durch bedeutende Fledermauslebensräume, Vorträge, Ausstellungen, aktive Einbindung der Bevölkerung bei Fledermauserfassungstätigkeiten

In den letzten Jahren wurden seitens der Stadt zehn Winterquartiere für Arten geschaffen, die Höhlen, Stollen und Keller zur Überwinterung nutzen. Die Mehrzahl dieser Quartiere wurde bereits nach ein bis zwei Jahren von dem Braunen Langohr als Pionierart angenommen.